5.2.1 CellRanger实战(一)数据下载
刘小泽写于19.5.3
最后更新于
刘小泽写于19.5.3
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数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA
文章解读在:https://www.jianshu.com/p/b818e38f7e9c
共有两名患者:
患者2586-4:
The primary patient (2586-4) received hypofractionated radiation for HLA upregulation to some but not all disease sites
利用10X 3' Chromium v2.0平台建库 + Hiseq2500 "rapid run"模式 GSE117988
discovery tumor部分:After sequence alignment and filtering, 7431 tumor cells (2243 cells before and 5188 cells after T cell therapy)
discovery PBMC部分:After sequence alignment and filtering, a total of 12,874 cells were analyzed [其中包含了四个时间点:治疗前(Pre),治疗后早期day +27(Early),治疗后反应期day+37(Resp),治疗后复发+614 (AR)]
患者9245-3:
The second validation patient (9245-3) is a 59-year-old man with metastatic MCC that had initially presented as stage IIIB disease, now metastatic at multiple sites
利用10X 5' V(D)J 进行cell washing, barcoding and library prep+ NovaSeq 6000(gene expression) + Hiseq4000 (V(D)J) GSE118056
原始数据一般是以SRR格式存放,这个文件一般都要几个G,于是下载器首选ascp,但是直接使用ascp下载又需要配置一些参数,对于新手来说,最好是能提供一个ID,然后直接就下载,这个就需要用到prefetch 与 ascp的组合了
prefetch是sratools中的一个小工具,因此直接用conda下载就好
默认情况下,prefetch是利用https方式去下载原始数据,这个就像直接从网页下载一样,速度有一定的限制。因此我们需要先安装一款叫做"aspera"的下载工具,它是IBM旗下的商业高速文件传输软件,与NCBI和EBI有协作合同
ascp安装成功后,prefetch就会默认将下载方式从https转移到fasp,说明开启加速模式
一般ascp没有什么问题,出问题主要是:
以患者2586-4为例,所有数据都存放在GEO中
打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117988 (这里注意链接是有规律的,只需要改变最后的ID号就能获取其他的GEO数据)
下载代码
下载成功会有提示
两个患者的十个样本数据下载结束后发现,SRR7722939和SRR7722942下载失败,看了一下数据源,这两个数据在sra-sos.public
这个位置,而不是在ncbi
于是,可以选择另一个途径EBI下载
进入官网https://www.ebi.ac.uk/ena ,搜索想下载的SRA号
选择SRR这里[或者直接通过https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRR7722939修改ID]
然后利用这个代码下载
点击SRA这里的SRP155988
send to
=> Run Selector
=> Go
下载Accession List,然后就得到了一个文本文件,列出了6个SRR ID号
EBI有个好处就是可以直接下载fastq格式文件(左边方框),如果要下载sra就复制右边红色方框中链接
ID
Description
Tumor Disc Pre
Tumor Disc AR
PBMC Pre
PBMC Disc Early
PBMC Disc Resp
PBMC Disc AR
ID
Description
PBMC Relapse - L001
PBMC Relapse - L002
Tumor Relapse - L001
Tumor Relapse - L002