前言:我与《单细胞交响乐》的缘分

写在前面

Hi 大家好,我是生信星球的”豆豆“,也是简书上的”刘小泽“(由于简书平台封锁了太多文章,目前更新均在博客)。 这是我的第一本开源书,之后也许会有第二本、第三本...持续学习,不断努力
🤠
本书链接会持续更新( updated on 2021-11-01):https://jieandze1314.osca.top/
关于引用:YunzeLiu. (2020). Single Cell Symphony (Version 2.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.4044753

吸引

我是在 2019年10月注意到: Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor
原因很简单,当时个人对单细胞很感兴趣,并且这本书还是Bioconductor团队。大佬出品,必是精品。 为了增加辨识度,我给这本书取了个名字:单细胞交响乐。因为单细胞数据涉及了许多复杂数据结构和流程,就像一个大乐团中的各种乐器,相互配合环环相扣才能演奏美妙的乐章。
开始也是抱着试学的态度,从最简单的基础学起。后来数据结构那一章真正吸引了我,将复杂的单细胞数据结构解释得浅显易懂,还在2019.10.27写了一篇推送:送你个对象

中断

我想大部分人接触单细胞数据,应该都是借助CellRangerSeurat流程学习的,也因此容易形成一个思维定势,说到scRNA分析,就想到Seurat这个R包。这本书的内容不太一样,它全篇都是基于自己的数据结构SingleCellExperiment,使用的R包也主要是自己团队开发的ScaterScran包,并且用法和Seurat差距还蛮大的。
单细胞分析对于我来说一直只是一个爱好,暂时还没有实际项目的应用。有时心里就犯嘀咕:我为什么要花时间去学习两个用途差不多的包呢?用最流行的流程不就得了?
慢慢地,这本书在我心里的地位就下降了,后来也不再有热情去翻译、理解这本书了。

不舍

在放弃更新的一段时间,心中时常会有不舍和愧疚,开了个好头做出成了”烂尾“。
每次看到别人分享这本书,我都会偷偷打开之前的交响乐文件夹,看看里面的几篇笔记,然后叹一口气,再次关上,心想:等我有时间了,一定要补上后面的!
然而,这一等,就是大半年...

重拾

2020是一个注定特殊的年份 万万没想到,从6.23到7.22,经历了一个月,完成了这个长久的小心愿
2020年的6月,无意间又打开了这本书的链接,看着团队已经更新到了30多章,此时”花花“(也就是域名jieandze1314中的jie)也开始了单细胞的学习,我答应她要提供一份学习资料。正好借着公众号推出的专辑功能,我尝试每写一篇都发表然后放在公众号专辑中,当做对自己的一个提醒。
第一篇发表于2020-06-23,接下来的几天,我都保持了每天阅读一章、重复一遍、更新一篇的节奏。当然,开始的速度会很慢,但随着对整体数据结构以及R包、函数的了解越来越深入,我也能明白作者想要做什么事,又是如何去实现的,后来速度就快了许多。这里必须要感谢Bioconductor团队精心准备了各种测试数据集和详细的操作代码。
为了提供更好的阅读、交流体验,我将之前的学习笔记做成了现在这本开源书。个人认为,开源书比出版书的优势就是:持续更新;方便沟通;易于更改。
与原著作者交流了一下,他们表示还会继续更新,当然我也会一直保持同步。 此外,我希望这本书不仅仅是中文翻译版,还希望能加入更多其他比较重要的知识,比如Seurat的各种操作、上游操作流程等等,让本书内容更加丰富。

更新

2020-07-23
  • 新增:R包链接直达说明文档,文档链接直达腾讯文档,文献链接直达PubMed或原文中所在位置
2020-08-21
  • 新增:第5章CellRanger的操作、Seurat、Monocle流程、多个数据集的整合
2020-10-12
  • 新增:对单细胞领域文献阅读进行重新组织架构,方便阅读
2021-10-20
  • 新增:最近会新增一些文献速览,抓住时事新闻

致谢

为了表达对作者的敬意,在本书上线前,特意征求了作者的同意 感谢他们对Bioconductor社区的贡献
  • Aaron Lun, PhD
  • Robert Amezquita, PhD
  • Stephanie Hicks, PhD
  • Raphael Gottardo, PhD
技术一直进步,学习从未停止。这本书也许不会有完结篇,只有~未完待续
🤓
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