# 单细胞交响乐

## 单细胞交响乐

- [前言：我与《单细胞交响乐》的缘分](https://jieandze1314.osca.top/master.md)
- [1 准备篇：背景知识](https://jieandze1314.osca.top/01.md)
- [1.1 数据结构](https://jieandze1314.osca.top/01/01-1.md): 刘小泽写于2019-10-26、27，更新于2020-06-23
- [1.2 总览 | 从实验到分析](https://jieandze1314.osca.top/01/01-2.md): 刘小泽写于19.10.30 更新于2020-06-24
- [2 积累篇：文献阅读](https://jieandze1314.osca.top/02.md)
- [2.1.1 综述 | 2019-单细胞转录组分析最佳思路](https://jieandze1314.osca.top/02/02-1.md): 刘小泽写于2020.5.6-5.8
- [2.1.2 综述 | 2018-单细胞捕获平台](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3-zong-shu-2018-dan-xi-bao-bu-huo-ping-tai.md): 刘小泽写于19.8.13
- [2.1.3 综述 | 2017-scRNA中的细胞聚类分群](https://jieandze1314.osca.top/02/2.1.3-zong-shu-2017scrna-zhong-de-xi-bao-ju-lei-fen-qun.md): 刘小泽写于2019.3.3
- [2.1.4 综述 | scRNA已经开发出超过1000款工具了，你用过几种？](https://jieandze1314.osca.top/02/scrna-yi-jing-kai-fa-chu-chao-guo-1000-kuan-gong-ju-le-ni-yong-guo-ji-zhong.md): 刘小泽写于2021.8.24
- [2.1.5 综述 | 2021-单细胞测序的微流控技术应用](https://jieandze1314.osca.top/02/2.1.5-zong-shu-2021-dan-xi-bao-ce-xu-de-wei-liu-kong-ji-shu-ying-yong.md): 刘小泽写于2021.10.18
- [2.2.1 研究 | 2018-单细胞转录组探索癌症免疫治疗获得性抗性机理](https://jieandze1314.osca.top/02/2.4-yan-jiu-dan-xi-bao-zhuan-lu-zu-tan-suo-ai-zheng-mian-yi-zhi-liao-huo-de-xing-kang-xing-ji-li.md): 刘小泽写于2019.5.2
- [2.2.2 研究 | 2018-人类结直肠癌单细胞多组学分析](https://jieandze1314.osca.top/02/2.5-yan-jiu-2018-ren-lei-jie-zhi-chang-ai-dan-xi-bao-duo-zu-xue-fen-xi.md): 刘小泽写于2019.3.31
- [2.2.3 研究 | 2020-单细胞分析揭示葡萄膜黑色素瘤新的进化复杂性](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.3-yan-jiu-2020-dan-xi-bao-fen-xi-jie-shi-pu-tao-mo-hei-se-su-liu-xin-de-jin-hua-fu-za-xing.md): 刘小泽写于2020.5.5
- [2.2.4 研究 | 2020-COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.4-yan-jiu-2020covid19-bing-ren-zhi-qi-guan-mian-yi-xi-bao-dan-xi-bao-ce-xu-fen-xi.md): 刘小泽写于2020.5.21
- [2.2.5 研究 | 2020-原汁原味读--单细胞肿瘤免疫图谱](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.5-yan-jiu-yuan-zhi-yuan-wei-du-dan-xi-bao-zhong-liu-mian-yi-tu-pu.md): 刘小泽写于2020.10.30
- [2.2.6  研究 | 2021-多发性骨髓瘤发展过程中肿瘤和免疫细胞的共同进化](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.6-duo-fa-xing-gu-sui-liu-fa-zhan-guo-cheng-zhong-zhong-liu-he-mian-yi-xi-bao-de-gong-tong-jin-hu.md): 刘小泽写于2021.5.10
- [2.2.7 研究 | 2021-多个组织的成纤维细胞图谱](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.7-yan-jiu-duo-ge-zu-zhi-de-cheng-xian-wei-xi-bao-tu-pu.md): 刘小泽写于2021.5.13
- [2.2.8 研究 | 2021-多组学分析肺结核队列的记忆T细胞状态](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.8-yan-jiu-2021-duo-zu-xue-fen-xi-fei-jie-he-dui-lie-de-ji-yitxi-bao-zhuang-tai.md): 刘小泽写于2021.5.25
- [2.2.9 研究 | 2021-CancerSCEM: 人类癌症单细胞表达图谱数据库](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.9-yan-jiu-2021cancerscem-ren-lei-ai-zheng-dan-xi-bao-biao-da-tu-pu-shu-ju-ku.md): 刘小泽写于2021.10.16
- [2.2.10 研究| 2021-单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.10-yan-jiu-2021-dan-xi-bao-zhuan-lu-zu-fen-xi-covid19-zhong-zheng-huan-zhe-fei-pao-ju-shi-xi-bao.md): 刘小泽写于2021.10.18
- [2.2.11 研究 |2021-单细胞转录组揭示肺腺癌特有的肿瘤微环境](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.11-yan-jiu-2021-dan-xi-bao-zhuan-lu-zu-jie-shi-fei-xian-ai-te-you-de-zhong-liu-wei-huan-jing.md): 刘小泽写于2021.10.22
- [2.2.12 研究 | 2021-单细胞转录组揭示乳头状甲状腺癌起始与发展](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.12-yan-jiu-2021-dan-xi-bao-zhuan-lu-zu-jie-shi-ru-tou-zhuang-jia-zhuang-xian-ai-qi-shi-yu-fa-zha.md): 刘小泽写于2021.10.26
- [2.2.13 研究 | 2021-解析食管鳞癌化疗病人的单细胞转录组](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.13-yan-jiu-2021-jie-xi-shi-guan-lin-ai-hua-liao-bing-ren-de-dan-xi-bao-zhuan-lu-zu.md): 刘小泽写于2021.11.01
- [2.2.14 研究 | 2021-单细胞水平看骨髓瘤的细胞状态和基因调控](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2.14-yan-jiu-2021-dan-xi-bao-shui-ping-kan-gu-sui-liu-de-xi-bao-zhuang-tai-he-ji-yin-tiao-kong.md): 刘小泽写于2021.11.04
- [2.3.1 算法｜2020-BatchBench比较scRNA批次矫正方法](https://jieandze1314.osca.top/02/2.2-suan-fa-batchbench-bi-jiao-scrna-pi-ci-jiao-zheng-fang-fa.md): 刘小泽写于2020.5.29
- [2.3.2 算法 | 2021-scPhere——用地球仪来展示降维结果](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3.2-suan-fa-2021scphere-jin-yi-bu-jian-ruo-pi-ci-xiao-ying-de-jiang-wei-gong-ju.md): 刘小泽写于2021.5.25
- [2.3.3 算法 | 2021-单细胞差异分析方法评测](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3.3-suan-fa-2021-dan-xi-bao-cha-yi-fen-xi-fang-fa-ping-ce.md): 刘小泽写于2021.10.16
- [2.3.4 算法 | 2021-细胞分群新方法——CNA（co-varying neighborhood analysis）](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3.4-suan-fa-2021-xi-bao-fen-qun-xin-fang-fa-cnacovarying-neighborhood-analysis.md): 刘小泽写于2021.10.22
- [2.3.5 工具 | 2018-iSEE：单细胞数据可视化辅助网页工具](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3.5-gong-ju-2018isee-dan-xi-bao-shu-ju-ke-shi-hua-fu-zhu-wang-ye-gong-ju.md): 刘小泽写于2021.10.27
- [2.3.6 工具 | 2021-MACA: 一款自动注释细胞类型的工具](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3.6-gong-ju-2021maca-yi-kuan-zi-dong-zhu-shi-xi-bao-lei-xing-de-gong-ju.md): 刘小泽写于2021.10.27
- [2.3.7 工具 | 2021-一个很有想法的工具——Ikarus，想要在单细胞水平直接鉴定肿瘤细胞](https://jieandze1314.osca.top/02/2.3.7-gong-ju-2021-yi-ge-hen-you-xiang-fa-de-gong-ju-ikarus-xiang-yao-zai-dan-xi-bao-shui-ping-zhi-j.md): 刘小泽写于2021.10.28
- [3 流程篇：分析框架](https://jieandze1314.osca.top/03.md)
- [3.1 质控](https://jieandze1314.osca.top/03/03-1.md): 刘小泽写于19.12.3-4 ，更新于2020-06-26
- [3.2 归一化](https://jieandze1314.osca.top/03/03-2.md): 刘小泽写于2020.6.27
- [3.3 挑选表达量高变化基因](https://jieandze1314.osca.top/03/03-3.md): 刘小泽写于2020.6.28
- [3.4 降维](https://jieandze1314.osca.top/03/03-4.md): 刘小泽写于2020.6.29
- [3.5 聚类](https://jieandze1314.osca.top/03/03-5.md): 刘小泽写于2020.6.30 + 7.2
- [3.6 Marker/标记基因检测](https://jieandze1314.osca.top/03/03-6.md): 刘小泽写于2020.7.3+7.5
- [3.7 细胞类型注释](https://jieandze1314.osca.top/03/03-7.md): 刘小泽写于2020.7.5
- [3.8 批次效应处理](https://jieandze1314.osca.top/03/03-8.md): 刘小泽写于2020.7.7
- [3.9 多样本间差异分析](https://jieandze1314.osca.top/03/03-9.md): 刘小泽写于2020.7.10+7.15
- [3.10 检测Doublet](https://jieandze1314.osca.top/03/03-10.md): 刘小泽写于2020.7.15
- [3.11 细胞周期推断](https://jieandze1314.osca.top/03/03-11.md): 刘小泽写于2020.7.16
- [3.12 细胞轨迹推断](https://jieandze1314.osca.top/03/03-12.md): 刘小泽写于2020.7.16
- [3.13 与蛋白丰度信息结合](https://jieandze1314.osca.top/03/03-13.md): 刘小泽写于2020.7.17
- [3.14 处理大型数据](https://jieandze1314.osca.top/03/03-14.md): 刘小泽写于2020.7.18
- [3.15 不同R包数据的相互转换](https://jieandze1314.osca.top/03/03-15.md): 刘小泽写于2020.7.18
- [4 实战篇：活学活用](https://jieandze1314.osca.top/04.md)
- [4.1 实战一 | Smart-seq2 | 小鼠骨髓](https://jieandze1314.osca.top/04/04-1.md): 刘小泽写于2020.7.18
- [4.2 实战二 | STRT-Seq | 小鼠大脑](https://jieandze1314.osca.top/04/04-2.md): 刘小泽写于2020.7.19
- [4.3 实战三 | 10X | 未过滤的PBMC](https://jieandze1314.osca.top/04/04-3.md): 刘小泽写于2020.7.19
- [4.4 实战四 | 10X | 过滤后的PBMC](https://jieandze1314.osca.top/04/04-4.md): 刘小泽写于2020.7.19
- [4.5 实战五 | CEL-seq2 | 人胰腺细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-5.md): 刘小泽写于2020.7.20
- [4.6 实战六 | CEL-seq | 人胰腺细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-6.md): 刘小泽写于2020.7.20
- [4.7 实战七 | SMARTer | 人胰腺细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-7.md): 刘小泽写于2020.7.20
- [4.8 实战八 | Smart-seq2  | 人胰腺细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-8.md): 刘小泽写于2020.7.20
- [4.9 实战九 | 不同技术数据整合 | 人胰腺细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-9.md): 刘小泽写于2020.7.21
- [4.10 实战十 | CEL-seq | 小鼠造血干细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-10.md): 刘小泽写于2020.7.21
- [4.11 实战十一 | Smart-seq2 | 小鼠造血干细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-11.md): 刘小泽写于2020.7.21
- [4.12 实战十二 | 10X | 小鼠嵌合体胚胎](https://jieandze1314.osca.top/04/04-12.md): 刘小泽写于2020.7.21
- [4.13 实战十三 | 10X | 小鼠乳腺上皮细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-13.md): 刘小泽写于2020.7.21
- [4.14 | 实战十四 | 10X | HCA计划的38万骨髓细胞](https://jieandze1314.osca.top/04/04-14.md): 刘小泽写于2020.7.22
- [5 补充篇：开拓思路](https://jieandze1314.osca.top/05.md)
- [5.1 10X Genomics概述](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-10x-genomics-gai-shu.md)
- [5.1.1 10X Genomics 问题集锦](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-10x-genomics-gai-shu/5.1.1-10x-genomics-wen-ti-ji-jin.md): 刘小泽写于19.5.13
- [5.2 CellRanger篇](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-cellranger-pian.md)
- [5.2.1 CellRanger实战(一)数据下载](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-cellranger-pian/5.1.1-cellranger-shi-zhan-yi-shu-ju-xia-zai.md): 刘小泽写于19.5.3
- [5.2.2 CellRanger实战(二) 使用前注意事项](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-cellranger-pian/5.1.2-cellranger-shi-zhan-er-shi-yong-qian-zhu-yi-shi-xiang.md): 刘小泽写于19.5.4-5.5
- [5.2.3 CellRanger实战(三) 使用初探](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-cellranger-pian/5.1.3-cellranger-shi-zhan-san-shi-yong-chu-tan.md): 刘小泽写于19.5.6
- [5.2.4 CellRanger实战(四)流程概览](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-cellranger-pian/5.1.4-cellranger-shi-zhan-si-liu-cheng-gai-lan.md): 刘小泽写于19.5.7
- [5.2.5 CellRanger实战(五) 理解count输出的结果](https://jieandze1314.osca.top/05/5.1-cellranger-pian/5.2.5-cellranger-shi-zhan-wu-li-jie-count-shu-chu-de-jie-guo.md): 刘小泽写于19.5.13
- [5.3 Seurat的使用](https://jieandze1314.osca.top/05/5.3-seurat-de-shi-yong.md)
- [5.3.1 Seurat V3 | 实战之2700 PBMCs分析](https://jieandze1314.osca.top/05/5.3-seurat-de-shi-yong/5.3.1-seurat-v3-shi-zhan-zhi-2700-pbmcs-fen-xi.md): 刘小泽写于19.7.18、28
- [5.3.2 Seurat V3 | 如何改造Seurat包的DoHeatmap函数？](https://jieandze1314.osca.top/05/5.3-seurat-de-shi-yong/5.3.3-seurat-v3-ru-he-gai-zao-seurat-bao-de-doheatmap-han-shu.md): 刘小泽写于19.12.4
- [5.3.3 scRNA的3大R包对比](https://jieandze1314.osca.top/05/5.3-seurat-de-shi-yong/5.3.2-scrna-de-3-darbao-dui-bi.md): 刘小泽写于19.9.3
- [5.3.4 Seurat两种数据比较：integrated vs RNA assay](https://jieandze1314.osca.top/05/5.3-seurat-de-shi-yong/5.3.4-seurat-de-integrated-vs-rna-assay.md): 刘小泽写于2020.11.16
- [5.3.5 seurat 的几种findmaker比较](https://jieandze1314.osca.top/05/5.3-seurat-de-shi-yong/5.3.5-seurat-de-ji-zhong-findmaker-bi-jiao.md)
- [5.4 Monocle的使用](https://jieandze1314.osca.top/05/5.4-monocle-de-shi-yong.md)
- [5.4.1 Monocle V3实战](https://jieandze1314.osca.top/05/5.4-monocle-de-shi-yong/5.4.1-monocle-v3-shi-zhan.md): 刘小泽写于19.8.21+28
- [5.5 多个数据集的整合](https://jieandze1314.osca.top/05/5.5-duo-ge-shu-ju-ji-de-zheng-he.md)
- [5.5.1 使用Seurat的merge功能进行整合](https://jieandze1314.osca.top/05/5.5-duo-ge-shu-ju-ji-de-zheng-he/5.5.1-shi-yong-seurat-de-merge-gong-neng-jin-hang-zheng-he.md): 刘小泽写于19.10.8
- [5.5.2 如何使用sctransform去除批次效应](https://jieandze1314.osca.top/05/5.5-duo-ge-shu-ju-ji-de-zheng-he/5.5.2-ru-he-shi-yong-sctransform-qu-chu-pi-ci-xiao-ying.md): 刘小泽写于19.10.10